Agencija za znanost i visoko obrazovanje (dalje u tekstu: Agencija) pokrenula je 10. lipnja 2013. godine  postupak  vrednovanja  znanstvene  kvalitete  u  svrhu  osnivanja  znanstvenih  centara izvrsnosti na temelju obrazloženog prijedloga ministra obrazovanja, znanosti i sporta. Rok za dostavu prijava bio je 16. rujna 2013. godine. Do isteka roka za zaprimanje prijava za osnivanje znanstvenih centara izvrsnosti 16. rujna 2013. godine  Agencija  je  zaprimila  55  prijava.

Graf 1. Raspodjela zaprimljenih projektnih prijedloga za osnivanje znanstvenih centara izvrsnosti prema znanstvenim područjima

Postupak prijave i vrednovanja Agencija je provela na temelju dokumenata kojima se regulira postupak prijave i vrednovanja, Javnog poziva i međunarodnih recenzija u postupku vrednovanja projektnih prijedloga. U tu svrhu, Akreditacijski savjet Agencije imenovao je 22. listopada 2013. godine na 43. sjednici članove Povjerenstva za provođenje vrednovanja projektnih prijedloga u svrhu osnivanja znanstvenih centara izvrsnosti kao radno tijelo Agencije. Vrednovanje prijava obuhvaćalo je provjeru ispunjavanja formalnih uvjeta, ocjenjivanje projektnih prijedloga koje provode inozemni recenzenti te završno ocjenjivanje koje provodi Povjerenstvo za provođenje vrednovanja.

Do 09. prosinca 2013. godine angažirani su svi recenzenti, njih 134. Djelatnici Agencije su upite za suradnjom poslali na otprilike 1700 adresa inozemnih znanstvenika. U prosjeku, 1 od 13 upitanih recenzenata odgovorio je potvrdno. Njihova imena i CV-i poslani su na potvrdu članovima Akreditacijskog savjeta. Svi inozemni recenzenti su upućeni u postupak pisanja recenzija. Rok za dostavu recenzija bio je 30 dana nakon primitka odluke o imenovanju. Angažirani su inozemni recenzenti iz 29 zemalja, od kojih najviše iz SAD-a, njih 25.

Graf 2. Raspodjela inozemnih recenzenata prema zemljama porijekla

Popis evaluiranih projektnih prijedloga za osnivanje znanstvenih centara izvrsnosti prema prvome slovu prezimena predloženih voditelja:

1. Akrap, Anđelko: Centar za istraživanje starenja i dugovječnosti - 'znanstveni centar izvrsnosti'
2. Augustin, Goran: Projekt razvoja znanstvenog centra izvrsnosti za napredne medicinske sustave iz ortopedije i traumatologije
3. Babić, Sandra: Centar izvrsnosti za istraživanje voda i razvoj tehnologija – AquaNet
4. Barbir, Frano: Znanstveni centar izvrsnosti za nove održive energetske tehnologije i sustave
5. Basarić, Nikola: Hrvatski centar izvrsnosti iz fotokemije i spektroskopije (CroCEPaS)
6. Bischof, Sandra: Znanstveni centar izvrsnosti multifunkcionalnih tekstilnih materijala (ZCI-MTM)
7. Bonačić-Koutecký, Vlasta: Centar izvrsnosti za znanost i tehnologiju – integracija MedIteranske regije (STIM)
8. Božikov, Jadranka: Znanstveni centar izvrsnosti za javnozdravstvena istraživanja i razvoj zdravstvenih programa
9. Brigljević, Vuko: Znanstveni centar izvrsnosti u čestičnoj i astročestičnoj fizici
10. Čišić, Dragan: Znanstveni centar izvrsnosti za inovativne tehnologije u učenju
11. Čović, Ante: Znanstveni centar izvrsnosti za integrativnu bioetiku
12. Čurik, Ino: Znanstveni centar izvrsnosti za primjenu genomičke tehnologije
13. Erceg, Marijan: Hrvatski zavod za javno zdravstvo – centar izvrsnosti za procjenu utjecaja okoline i okoliša na zdravlje stanovništva (HIA)
14. Fulgosi, Hrvoje: Znanstveni centar izvrsnosti za biljnu biologiju i biotehnologiju
15. Galešić, Krešimir: Znanstveni centar izvrsnosti za istraživanje glomerularnih bolesti
16. Glavičić, Miroslav: Znanstveni centar izvrsnosti: Plitke seizmičke metode u arheološkim terenskim istraživanjima
17. Grbac, Bruno: Znanstveni centar izvrsnosti za istraživanje društveno važnih odluka potrošača
18. Ivanda, Mile: Znanstveni centar izvrsnosti za nove funkcionalne materijale
19. Jakšić, Milko: Znanstveni centar izvrsnosti za fiziku i tehnologiju ionskih snopova
20. Ježek, Davor: Znanstveni centar izvrsnosti za biomedicinsko istraživanje reprodukcije i razvoja
21. Jonjić, Stipan: Znanstveni centar izvrsnosti za virusnu imunologiju i cjepiva
22. Jotanović, Zdravko: Genetika osteoartritisa velikih zglobova u hrvatskoj populaciji - „Znanstveni centar izvrsnosti“
23. Judaš, Miloš: Hrvatski institut za istraživanje mozga: Znanstveni centar izvrsnosti u području temeljne, kliničke i translacijske neuroznanosti
24. Kalogjera, Livije: Znanstveni centar izvrsnosti za istraživanje kronične upale gornjih dišnih putova i nosne hiperreaktivnosti
25. Karbić, Damir: Projektni prijedlog za osnivanje hrvatskog znanstvenog centra izvrsnosti za kritičko izdavanje izvora i proučavanje pomoćnih povijesnih znanosti za povijest srednjeg i ranog novog vijeka
26. Kožar, Ivica: Znanstveni centar izvrsnosti za monitoring i praćenje stanja konstrukcija (CiMStaK)
27. Kralik, Gordana: Znanstveni centar izvrsnosti za održivu proizvodnju kvalitetne i funkcionalne hrane
28. Kralj, Marko: Znanstveni centar izvrsnosti za znanost o grafenu i srodnim 2D strukturama
29. Kusić, Zvonko: Hrvatski znanstveni centar izvrsnosti za poremećaje štitnjače
30. Lauc, Gordan: Znanstveni centar izvrsnosti u glikoznanosti
31. Lipovac Vrkljan, Goranka: Znanstveni centar izvrsnosti za antičku keramiku (Prilog, str. 35)
32. Macan, Jelena: Znanstveni centar izvrsnosti "Okoliš i zdravlje dišnog sustava"
33. Mihaljević, Milan: Znanstveni centar izvrsnosti "Centar za hrvatsko glagoljaštvo"
34. Milošević, Slobodan: Hrvatski znanstveni centar izvrsnosti za istraživanja i tehnologije plazme
35. Miščević, Predrag: Znanstveni centar izvrsnosti: Zona oštećenja stijenske mase oko podzemnih iskopa u karbonatnim stijenama
36. Pavičić, Jurica: Znanstveni centar izvrsnosti za školsku efektivnost i menadžment
37. Petrović, Ivan: Znanstveni centar izvrsnosti za napredne kooperativne i kognitivne sustave (ACROSS)
38. Raić-Malić, Silvana: Centar izvrsnosti medicinske kemije (CoEMedChem)
39. Rusak, Gordana: Centar znanstvene izvrsnosti za istraživanje biljnih polifenola i njihovih novosintetiziranih derivata u očuvanju zdravlja
40. Schatten, Markus: Znanstveni centar izvrsnosti za računalnu organizacijsku teoriju
41.  Seiwerth, Sven: Znanstveni centar izvrsnosti za istraživanje induciranih pluripotentnih matičnih stanica
42. Sinčić Ćorić, Dubravka: Znanstveni centar izvrsnosti u istraživanju integracije lobiranja u procese odlučivanja
43. Stipčević, Mario: Centar Znanstvene Izvrsnosti za Fotoniku i Kvantnu Optiku
44. Šlaus, Mario: Doprinos hrvatskog znanstvenog centra izvrsnosti razumijevanju utjecaja koji su migracije imale na zdravlje u Hrvatskoj od antike do ranog novog vijeka
45. Štih, Željko: Znanstveni centar izvrsnosti za transformatore
46. Štulhofer, Aleksandar: Znanstveni centar izvornosti za longitudinalno praćenje društvenih promjena
47. Terzić, Janoš: Znanstveni centar izvrsnosti temeljnih i translacijskih istraživanja raka - TIRA
48. Tomić, Silvia: Znanstveni centar izvrsnosti za fiziku naprednih materijala (CroCEPAM)
49. Turkalj, Mirjana: Translacijski i znanstveni centar izvrsnosti za alergologiju i respiratorne bolesti
50. Vekarić, Nenad: Znanstveni centar izvrsnosti: Transformacije kolektivnih i individualnih identiteta na području Dubrovnika u dugom trajanju (od prapovijesti do modernog doba)
51. Vikić Topić, Dražen: Znanstveni centar izvrsnosti za prirodne spojeve i biotehnologiju
52. Vilibić, Ivica: Znanstveni centar izvrsnosti u oceanografiji i ribarstvu
53. Vugrek, Oliver: Znanstveni centar izvrsnosti za primijenjene bioznanosti
54. Vukičević, Slobodan: Hrvatski znanstveni centar izvrsnosti za regenerativnu medicinu
55. Zuckerman, Zora: Znanstveni centar izvrsnosti: Turizam i hendikep

Prvi hrvatski znanstveni centri izvrsnosti proglašeni su na sjednici Nacionalnog vijeća za znanost, visoko obrazovanje i tehnološki razvoj, održanoj 10. studenoga 2014. godine:

Znanstveni centri izvrsnosti proglašeni u području prirodnih znanosti:
1.            Znanstveni centar izvrsnosti za napredne materijale i senzore – CEMS

•             Istraživačka jedinica: Novi funkcionalni materijali
•             Istraživačka jedinica: Znanost o grafenu i srodnim 2D strukturama
•             Istraživačka jedinica: Fotonika i kvantna optika
•             Istraživačka jedinica: Fizika i tehnologija ionskih spojeva  

2.            Znanstveni centar izvrsnosti za znanost i tehnologiju (STIM)

Znanstveni centri izvrsnosti proglašeni u području biomedicinskih znanosti:

3.            Znanstveni centar izvrsnosti za reproduktivnu i regenerativnu medicinu

•             Istraživačka jedinica: Biomedicinsko istraživanje reprodukcije i razvoja
•             Istraživačka jedinica: Regenerativna medicina

4.            Znanstveni centar izvrsnosti: Za virusnu imunologiju i cjepiva

Znanstveni centri izvrsnosti proglašeni u području humanističkih znanosti
5.            Znanstveni centar izvrsnosti za integrativnu bioetiku
6.            Znanstveni centar izvrsnosti za hrvatsko glagoljaštvo

Znanstveni centar izvrsnosti proglašen u području društvenih znanosti
7.            Znanstveni centar izvrsnosti za školsku efektivnost i menadžment.